这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。
绪方惠美 林原惠美 宫村优子 坂本真绫 三石琴乃 山口由里子 山寺宏一 石田彰 立木文彦 清川元梦 长泽美树 子安武人 优希比吕 关智一 岩永哲哉 岩男润子 麦人 丸山咏二 西村知道 宇垣秀成 中博史 佐久间玲 山崎和佳奈 野田顺子 大原沙耶香 世户沙织 大川透 小野冢贵志 泷知史 室园丈裕 杉崎亮 茂木隆盛 山村响 藤本隆弘 岛田知美 入江崇史 金丸淳一
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入野自由 牧野由依 稻田彻 浪川大辅 菊地美香 坂本真绫 大原沙耶香 津村真琴 三宅健太 中田让治 矢田稔 立壁和也 相泽正辉 原田正夫 梯笃司 杉山大 重松朋 白熊宽嗣 中村悠一
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富田美忧 伊濑茉莉也 井泽诗织 水濑祈 大原沙耶香 稻田彻 喜多村英梨 原奈津子 川田绅司 下山吉光 后藤弘树 武藏真之介 田岛章宽 中务贵幸 中村源太 新祐树 越后屋浩介 坂本真绫 森川智之
大原沙耶香 福山润 中井和哉 伊藤静 望月久代 菊地美香 松尾佳子 柚木凉香 松野太纪 楠见尚己 平川大辅 喜多川拓郎 福松进纱 小阪由佳 峰敦子 矢尾一树 入野自由 坂本真绫
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